| 年度 | 99 | 00 | 01 | 02 | 03 | 04 | 05 | 06 | 07 | 08 | 09 | 10 | 11 | 12 | 13 | |
| クラブ数 | 10 | 11 | 12 | 12 | 12 | 12 | 12 | 13 | 13 | 15 | 18 | 19 | 20 | 22 | 22 | |
| 札幌 | 5 | 1 | J1 | J1 | 9 | 12 | 6 | 6 | 1 | J1 | 6 | 13 | 3 | J1 | 8 | 札幌 |
| 山形 | 7 | 10 | 3 | 11 | 8 | 4 | 5 | 8 | 9 | 2 | J1 | J1 | J1 | 10 | 10 | 山形 |
| 仙台 | 9 | 5 | 2 | J1 | J1 | 6 | 4 | 5 | 4 | 3 | 1 | J1 | J1 | J1 | J1 | 仙台 |
| 水戸 | c3 | 9 | 11 | 10 | 7 | 9 | 10 | 10 | 12 | 11 | 8 | 16 | 17 | 13 | 15 | 水戸 |
| 群馬 | d | d | d | d | d | c3 | 12 | 12 | 11 | 9 | 10 | 12 | 9 | 17 | 20 | 群馬 |
| 東京V | J1 | J1 | J1 | J1 | J1 | J1 | J1 | 7 | 2 | J1 | 7 | 5 | 5 | 7 | 13 | 東京V |
| 横浜FC | c1 | c1 | 9 | 12 | 11 | 8 | 11 | 1 | J1 | 10 | 16 | 6 | 18 | 4 | 11 | 横浜FC |
| 湘南 | J1 | 8 | 8 | 5 | 10 | 10 | 7 | 11 | 6 | 5 | 3 | J1 | 14 | 2 | J1 | 湘南 |
| 甲府 | 10 | 11 | 12 | 7 | 5 | 7 | 3 | J1 | J1 | 7 | 4 | 2 | J1 | 1 | J1 | 甲府 |
| 京都 | J1 | J1 | 1 | J1 | J1 | 5 | 1 | J1 | 3 | J1 | J1 | J1 | 7 | 3 | 3 | 京都 |
| 徳島 | c6 | c4 | c2 | c3 | c1 | c1 | 9 | 13 | 13 | 15 | 9 | 8 | 4 | 15 | 4 | 徳島 |
| 愛媛 | d | d | c12 | c6 | c3 | c5 | c1 | 9 | 10 | 14 | 15 | 11 | 15 | 16 | 17 | 愛媛 |
| 福岡 | J1 | J1 | J1 | 8 | 4 | 3 | 2 | J1 | 7 | 8 | 11 | 3 | J1 | 18 | 14 | 福岡 |
| 鳥栖 | 8 | 6 | 10 | 9 | 12 | 11 | 8 | 4 | 8 | 6 | 5 | 9 | 2 | J1 | J1 | 鳥栖 |
| 大分 | 3 | 3 | 6 | 1 | J1 | J1 | J1 | J1 | J1 | J1 | J1 | 15 | 12 | 6 | J1 | 大分 |